Основными цитокинами, обеспечивающими прогрессирование аутоиммунного процесса, являются: ИЛ-6 (его угнетающее влияние на Treg приводит к потере аутотолерантности, усиливает дифференцировку B-лимфоцитов и продукцию аутоантител); ИФН-γ (совместно с ИЛ-2 и фактором некроза опухоли – ФНО – участвует в регуляции экспрессии молекул МСН-II и является индуктором клеточного звена иммунитета); ФНО-α (способствует запуску аутоиммунных реакций, усиливая экспрессию молекул адгезии и MCH-II на тироцитах, участвует в регуляции выработки антител, стимулирует пролиферацию специфических Т- и В-лимфоцитов, образующих клоны к различным антигенным эпитопам, а также влияет на синтез гликозаминогликанов фибробластами)